RPA-CRISPR/Cas12a技術(shù)的優(yōu)勢
RPA（重組酶聚合酶擴(kuò)增）是一種等溫擴(kuò)增技術(shù)，能夠在37℃至42℃的恒溫條件下快速擴(kuò)增DNA，具有操作簡便、快速高效的特點。CRISPR/Cas12a系統(tǒng)則是一種基于CRISPR技術(shù)的基因編輯工具，能夠特異性地識別并切割目標(biāo)DNA序列。將RPA與CRISPR/Cas12a結(jié)合，不僅能夠?qū)崿F(xiàn)快速的DNA擴(kuò)增，還能通過CRISPR/Cas12a的特異性識別能力，提高檢測的準(zhǔn)確性和靈敏度。
在最新研究中，研究人員通過優(yōu)化RPA反應(yīng)條件和CRISPR/Cas12a檢測參數(shù)，包括引物設(shè)計、crRNA濃度和轉(zhuǎn)切割時間等，成功將檢測的視覺下限降低到101 CFU/g，比現(xiàn)有方法提高了10倍。這一技術(shù)不僅能夠快速檢測大腸桿菌O157:H7，還能有效抵抗食品基質(zhì)中的PCR抑制劑，確保檢測結(jié)果的可靠性。
注射器濾膜的創(chuàng)新應(yīng)用
為了進(jìn)一步提高檢測的靈敏度，研究人員引入了注射器濾膜技術(shù)。通過將樣本溶液通過注射器濾膜過濾，能夠快速濃縮目標(biāo)細(xì)菌，顯著提高檢測效率。實驗結(jié)果表明，注射器濾膜能夠在短短5分鐘內(nèi)將大腸桿菌O157:H7的濃度提高25倍，極大地縮短了檢測時間。
注射器濾膜技術(shù)的優(yōu)勢在于其便攜性和操作簡便性。與傳統(tǒng)的真空泵過濾設(shè)備相比，注射器濾膜無需復(fù)雜的設(shè)備和電源支持，適合在各種現(xiàn)場環(huán)境中使用。此外，注射器濾膜的濃縮效果顯著，能夠在短時間內(nèi)將低濃度的大腸桿菌O157:H7濃縮到可檢測水平，為快速檢測提供了有力支持。
圖1基于重組酶聚合酶擴(kuò)增（RPA）的CRISPR/Cas12a系統(tǒng)的序列設(shè)計。篩選RPA引物（A）：第1行：泳道1 - 4展示了使用引物組1 - 5擴(kuò)增的陽性對照，泳道1N - 4N描繪了使用引物組1 - 5擴(kuò)增的非模板對照（NTC）。（B）crRNA設(shè)計，（C）CRISPR/Cas12a介導(dǎo)的RPA產(chǎn)物順式切割，（C - 1）RPA產(chǎn)物未切割，（C - 2）CRISPR/Cas12a對來自線性化靶雙鏈DNA的RPA產(chǎn)物進(jìn)行CRISPR/Cas12a介導(dǎo)的順式切割。M：50 bp分子量標(biāo)記。
實驗驗證與結(jié)果
研究人員通過在生菜樣本中人工接種大腸桿菌O157:H7，驗證了RPA-CRISPR/Cas12a結(jié)合注射器濾膜技術(shù)的檢測效果。實驗結(jié)果表明，該技術(shù)能夠在55分鐘內(nèi)完成從樣本處理到檢測結(jié)果的全過程，檢測下限低至101 CFU/g，遠(yuǎn)低于傳統(tǒng)qPCR方法的102 CFU/g。即使在樣本中含有PCR抑制劑的情況下，RPA-CRISPR/Cas12a技術(shù)依然能夠準(zhǔn)確檢測出大腸桿菌O157:H7的存在，而qPCR則因抑制劑的影響而無法檢測到高濃度的目標(biāo)細(xì)菌。
圖2. RPA - CRISPR/Cas12a系統(tǒng)的評估。(A) RPA - CRISPR/Cas12a的特異性；泳道1 - 4：大腸桿菌O157:H7（美國典型培養(yǎng)物保藏中心編號43895、43889、35150和43890），泳道5 - 12：非大腸桿菌O157:H7（大腸桿菌、糞腸球菌、阪崎克羅諾桿菌、腸炎沙門氏菌、鼠傷寒沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、單核細(xì)胞增生李斯特菌和銅綠假單胞菌）。(B) RPA - CRISPR/Cas12a在純培養(yǎng)物中的靈敏度，以及(C) 實時PCR的Ct值。NTC，非模板對照。不同小寫字母表示相對熒光強(qiáng)度存在顯著差異（P<0.05），不同大寫字母表示Ct值存在顯著差異（P<0.05）。
未來展望
本研究基于RPA-CRISPR/Cas12a和注射器濾膜的檢測技術(shù)具有快速、靈敏、便攜的特點使其非常適合用于現(xiàn)場快速檢測，能夠有效防止食源性疾病的傳播。未來，研究人員計劃將該技術(shù)應(yīng)用于更多種類的食品樣本中，進(jìn)一步驗證其在實際檢測中的適用性和可靠性。
參考文獻(xiàn)：Lee S Y, Oh S W. Rapid and visual detection of Escherichia coli O157: H7 using an RPA-CRISPR/Cas12a-based syringe filter[J]. Microchemical Journal, 2025, 208: 112624.
來源：微生物安全與健康網(wǎng)，作者~蔡偉程。
